「思い出して、翅（はね）があったころのことを」1万2千年前の想いに応え、繋がったのは欠けたこころ。太阳と月と火星が出会うとき、新たな合体の调べが流れる──！湘南の海に浮かぶ小岛、江の岛。美しくのどかなその浜辺に、〈私立江ノ岛学园〉はある。学园には、全国から优秀な子どもが集められ、最新の机器を使った英才教育が施されていた。特殊强化クラスの生徒〈エレメント〉に选ばれたサッコ、リミヤ、トシは、感情の力で动く戦闘机〈ベクターマシン〉の操縦を命じられ、谜の侵略兵器〈神话獣〉との戦いを余仪なくされる。戦いのさなか、不可思议なヴィジョンに导かれ、サッコは叫ぶ──。「想星合体！GO、アクエリオン！」缲り返される轮廻の果てに、现れた机械天翅アクエリオン。宿命を背负った少年少女は、得体のしれない団体〈宇宙たまごの会〉や大人たちの思惑が交错す...